Quando o Seminário Santo Antônio do Regional Nordeste V fechou, no início do segundo milênio da cristandade, todas as dioceses do Maranhão tiveram que construir a própria casa de formação. O então bispo da Diocese de Viana, Dom Xavier Gilles, também foi em busca de uma casa e um terreno, que não fosse muito longe do Instituto de Estudos Superiores do Maranhão (IESMA); encontrou uma antiga casa e uma boa extensão de terra no Canto da Fabril em São Luís.
Por volta dos primeiros anos de 2000, começou a procura de benfeitores e patrocinadores que pudessem ajudar na construção; a Providência foi ao encontro do projeto do novo Seminário maior da Diocese de Viana.
Dom Xavier dedicou a casa de formação a São Bonifácio Bispo e Mártir, devido à presença na diocese de uma antiga imagem do santo apostolo da Alemanha, que foi levada à baixada pelos primeiros missionários jesuítas, que em 1757 fundaram a aldeia de Nossa Senhora da Conceição do Maracu.
As portas do novo seminário se abriram no final do ano de 2005, sendo reitor o padre George Luís Amaral Muniz e com a presença de jovens seminaristas, provenientes da Diocese de Viana e da Diocese de Zé Doca. A casa de formação funcionou até o ano de 2009, quando o reitor foi estudar em Roma e o prédio foi alugado à uma universidade particular. A partir de então os seminaristas foram enviados em vários seminários no Brasil. O segundo reitor foi padre Paolo Boumis, fidei donum da Diocese de Roma, Itália. Com padre Paolo, os seminaristas de Viana, unidos aos seminaristas da Diocese de Bacabal, foram morar na casa de formação deles, no bairro do Felipinho. O bispo Dom Sebastião Lima Duarte nomeou como reitor o padre Delcimar de França Silva. O seminário se transferiu no bairro Sá Viana, alugando a casa de formação da Diocese de Carolina, pra depois ir numa casa em frente ao IESMA, no Centro. Após dois anos, o padre Reitor foi nomeado pároco, e os seminaristas ficaram sozinhos na casa; quase todos os vocacionados desistiram da caminhada e voltaram para suas casas. No começo do ano 2015, o Bispo manifestou a necessidade de nomear um novo reitor. Padre Giuseppe Luigi Spiga, fidei donum da Diocese de Cagliari, Itália, assumiu a formação dos seminaristas e a pastoral vocacional na Diocese. Para fazer conhecer as paroquias aos seminaristas e os seminaristas ao povo de Deus da Diocese, o reitor e os seis seminaristas visitaram nos fins de semana as 27 paróquias, conseguindo encontrar muitos jovens e aproximando o seminário ao território diocesano. No dia 26 de outubro 2016, o seminário voltou ao prédio do Canto da Fabril.
Aos 30 de março de 2020 se completaram os primeiros 15 anos deste Seminário. Aos poucos, o número dos seminaristas foi crescendo; até a Páscoa de 2020, dos três diáconos ordenados, um foi ordenado padre para a nossa Diocese.
Texto: Pe. Giuseppe Luigi Spiga, Reitor